در پی آزار و اذیت، بازداشت، حبس‌های طولانی‌مدت و اعدام شهروندان بهایی در ایران؛ بررسی‌های آماری خانه اسناد بهایی‌ستیزی در ایران نشان می‌دهد در طول بیش از چهار دهه حکمرانی جمهوری اسلامی در این کشور دست‌کم ۲۲۵ شهروند بهایی کشته یا اعدام شده‌اند.
پایگاه داده‌های باز ایران، با استناد به منابع مستند جامعه بهایی و اسناد موجود در وبسایت خانه اسناد بهایی‌ستیزی در گزارشی آماری و تحقیقی نوشت از زمان وقوع انقلاب اسلامی، ۱۵۸ بهایی با حکم دادگاه‌های جمهوری اسلامی تیرباران یا به دار آویخته شدند. همچنین ۱۲ تن در زندان و بر اثر شکنجه جان باختند. ۱۶ نفر پس از تهدید عوامل حکومتی ناپدید شدند و ۳۹ تن دیگر نیز با حمایت نهادهای مذهبی و سیاسی رژیم به قتل رسیدند.
البته این آمار فقط آن دسته از جان‌باختگان را شامل می‌شود که مرگ یا اعدام آنها مستند شده و هویت، تاریخ و نحوه کشته‌شدگان مشخص است. به عبارت دیگر احتمال می‌رود که آمار واقعی جان‌باختگان بیش از این باشد.
شهروندان بهایی در طول چهار دهه گذشته همواره با آزار و اذیت‌های حکومتی مواجه بوده‌اند؛ اما بررسی‌ها نشان می‌دهد که شیوه‌های سرکوب سازمان‌مند آنان در دوره‌های مختلف جمهوری اسلامی تا حدودی متفاوت بوده است. به‌عنوان مثال بررسی جزئیات وضعیت قربانیان بهایی‌ستیزی حاکی است که بیشتر آنها در سال‌های نخست استقرار جمهوری اسلامی کشته شده‌اند.
بیشترین آمار ثبت شده مربوط به سال ۱۳۶۰ با رکورد اعدام و قتل ۵۲ نفر است. بعد از آن سال ۱۳۵۹ با رکورد قتل و اعدام ۳۸ نفر و سال‌های ۱۳۶۲ و ۱۳۶۳ خونین‌ترین سال برای جامعه بهایی بوده است. روند قتل و اعدام بهائیان از سال‌های پس از آن تا حدودی کندتر شد ولی جمهوری اسلامی در جهت آزار و اذیت شهروندان بهایی شیوه‌های دیگری از سرکوب را جایگزین کرد.
این موضوع در اسناد مربوط به تصمیم‌گیری‌های دهه ۶۰ نیز موجود است. اکبر هاشمی‌رفسنجانی که در در آن زمان به عنوان دومین فرد قدرتمند حکومت شناخته می‌شد، در خاطرات سال ۱۳۶۶ خود به جلسه جامعه روحانیت مبارز اشاره کرده که طی آن برای هماهنگی سیاست‌های برخورد با بهائیان تصمیم‌گیری شده است: «شب [جلسه] شورای [جامعه] روحانیت مبارز [تهران] در دفتر من بود. درباره بهایی‌ها بحث شد. به نظر رسید، اگر سیاستی به ترتیب زیر در مورد آنها داشته باشیم، خوب است: ۱- اسم آنها را به عنوان بهایی در اسناد رسمی ثبت نکنند و جای مذهب را در ستون مربوط خالی بگذارند. ۲- به آنها حق استفاده از مواهب معمولی زندگی اجتماعی را بدهیم. ۳- به کارهای دولتی و سمت‌های مهم دیگر وارد نشوند. ۴ – اگر می‌خواهند به خارج [از کشور] بروند، اجازه رفتن بدهیم.»
این تصمیم‌ها به سرعت وارد عرصه‌های اجرایی شد و از آن پس، بازداشت، زندان، محرومیت از تحصیل و اشتغال، مصادره اموال، تخریب گورستان‌ها، تخریب مکان‌های مقدس بهایی و ممانعت از صدور مجوزهای کسب و کار بهائیان به رویه‌ای جاری در جمهوری اسلامی تبدیل شد.
یکی از بارزترین موارد نقض حقوق شهروندی بهائیان در ایران، محرومیت از تحصیل است. بررسی‌ها نشان می‌دهد در چهار دهه عمر جمهوری اسلامی دست‌کم ۱۸۶ دانش‌آموز و دانشجوی بهایی به دلیل باورهای مذهبی خود و خانواده‌شان از حق تحصیل محروم شده‌اند. چنان که گفته شد، این آمار فقط شامل دانشجویانی است که اسناد دولتی یا قضائی در تائید محرومیت آنها از تحصیل وجود دارد.
وضعیت محرومیت از تحصیل در دهه ۱۳۶۰ بحرانی‌تر از سایر دهه‌ها است، اما افزایش چشمگیر آمار محرومیت از تحصیل در نیمه دوم دهه ۱۳۸۰ نشان می‌دهد پس از آرامش نسبی دهه ۱۳۷۰ و بعد از روی‌کار آمدن دولت محمود احمدی‌نژاد، موج تازه‌ای از سرکوب و نقض حقوق شهروندی بهائیان در ایران آغاز شد. این رویه در سال‌های پس از آن نیز ادامه یافت.
مصادره اموال بهائیان نیز از اقدام‌های روشمند حکومت در سرکوب آنان است. جامعه جهانی بهایی بارها درباره افزایش مصادره اموال بهائیان با عاملیت ستاد اجرایی فرمان امام ابراز نگرانی کرده است.
پیش‌تر دیان علائی، نماینده جامعه جهانی بهایی در سازمان ملل متحد در ژنو، هم گفته بود: «مصادره املاک بهائیان از سوی ستاد اجرایی فرمان امام مرحله‌ای جدید و بسیار نگران‌کننده در آزار و اذیت بهائیان ایران است که نشان می‌دهد این سرکوب‌ها از سوی بالاترین سطوح رهبری ایران برنامه‌ریزی می‌شود.» در بیانیه دیان علائی نوشته شده بود که رهبران ایران با «به فقر کشاندن و آواره ساختن بهائیان در حال انباشت ثروت خوداند.»
رهبران سیاسی و مذهبی ایران به بهائیان برچسب‌ها و اتهام‌هایی مانند «جاسوسی» می‌زنند تا زمینه سرکوب و آزار آنها را فراهم کنند. به‌تازگی کاظم صدیقی، امام‌جمعه تهران و رئیس ستاد امر به معروف و نهی از منکر در سخنانی ادعا کرد که بهائیان «مزد می‌گیرند» و در «دامن‌زدن به بی‌حجابی» نقش دارند. ناصر مکارم شیرازی، از مراجع تقلید نیز ادعا کرد «بهائیت یک گروه سیاسی است و پیروان آن جاسوس‌اند.»
چنین ادعاهایی به تناوب از سوی مقام‌های حکومتی ایران طی سال‌های پس از انقلاب تکرار شده است و بهائیان تحت همین عناوین بازداشت و محاکمه می‌شوند. در یکی از آخرین احکام صادره علیه شهروندان بهایی. اواخر خرداد، دادگاهی در کرج ۱۳ شهروند بهایی را که در فعالیت‌های فرهنگی و آموزشی کودکان اشتغال داشتند در مجموع به ۴۰ سال و هفت ماه حبس محکوم کرد. این حکم عینا در شعبه ۱۲ دادگاه تجدید نظر کرج نیز تائید شد.
گزارشگران حقوق بشر سازمان ملل متحد بارها به رویکرد بهایی‌ستیزی جمهوری اسلامی ایران اعتراض کردند و آن را مصداق بارز بی‌توجهی حکومت به پیمان‌نامه‌های حقوق بشری دانستند اما حکومت ایران بی اعتنا به این هشدارها و با این ادعا که دین بهایی یک «فرقه ضاله» است و پیروان آن مرتدند، به فشار فزاینده خود بر شهروندان بهایی ادامه می‌دهد. بر اساس آمارهای غیررسمی، حدود ۳۰۰ هزار بهایی در ایران سکونت دارند.
